一、两种途径方式的申请注册手续的差别：
1、马德里商标国际注册在申请注册手续方面，马德里注册可以在一份注册申请里面指定保护多个缔约方，申请手续较为简便。如果马德里申请在各指定缔约方顺利通过审查，则马德里注册可为申请人节约大量时间精力。但是，一旦遇到驳回或异议的情况，申请人则需要直接向各指定缔约方的商标主管机关提交驳回复审、异议答辩，按照各指定缔约方的法律法规准备相应文件，如提供经公证认证的商标代理委托书，在这种情况下，手续可能比单一国家注册更加复杂。
2、单一国家商标注册对省注册手续方面则相对复杂，需要申请人了解各国商标法律法规，根据各国商标注册的要求准备申请注册的文件，需准备的文件较多且手续繁琐，但是如果有专业的代理机构进行服务的话，可较大程度地减少申请人的工作量。
二、两种途径方式的注册费用的差别：
1、马德里商标国际注册的费用相对比单一国家注册费用便宜，其原因主要在于，马德里注册由中国商标局、世界知识产权组织国际局转交注册申请至各指定缔约方的商标主管机关，费用主要包括基础申请费、指定费(指定国家越多费用也随之增加)和国内代理机构的服务费。
2、对于单一国家注册费用方面，根据各国法律的要求申请人通常需要委托各国的本地代理机构提交注册申请，除了官费和国内代理机构的服务费之外，还会产生国外代理机构的服务费，这样的客观原因导致单一国家注册的费用通常会比马德里注册的费用高许多。此外，在单一国家注册中，部分国家要求提交经公证认证的商标代理委托书等材料，该公证认证手续也会产生一定费用。
三、两种途径方式的申请注册条件的差别：
提交马德里商标国际注册申请，需要满足三点条件要求，分别有：
1、申请人需要具有一定的主体资格，申请人需要在我国设立有真实有效的的工商营业场所，或者在我国范围境内有住所的，同时拥有我国国籍。
2、申请人需要具有相应的国内申请或注册基础。如果申请人计划通过马德里体系在国外申请注册的商标在国内已申请或已注册，则需提供国内的受理通知书或注册证。如果申请人计划在国外申请注册的商标在国内还未提交注册申请，则需要先提交国内商标注册申请，待国内受理通知书下发后再办理马德里注册，但是国内受理通知书下发通常要几个月。此外，马德里注册的申请人名义、地址、商标必须和国内基础一致，商品或服务不得超过基础申请或注册的商品或服务范围。
3、申请人计划注册保护的目的国属于马德里缔约方，否则不能通过马德里体系进行注册保护。
而相对于马德里商标国际注册，申请人对于单一国家注册的门槛则是相对较低的，通常来说是不需要国内申请或者注册基础，申请人只需要到各个单一国家商标主管机关直接的提交商标注册申请便可以了。

四、两种途径方式的注册证的差别：
对于马德里注册，世界知识产权组织国际局在形式审查完毕以后，会给申请人颁发一份国际注册证，但是在颁发国际注册证阶段，国际局仅进行了形式审查且各指定缔约方还未进行实质审查，因此该国际注册证并非我们通常理解的商标注册证，该文件仅仅代表国际局已受理该马德里注册申请，并无真正意义上的注册证效力。
在实践中，较多申请人拿到国际注册证以后就认为马德里商标已经成功获权，造成申请人的误解。此外，在各国商标主管机关审查通过以后，通常只会颁发“核准保护通知”，没有专门的商标注册证，只有美国、日本和韩国等极少数缔约方会单独颁发注册证。并且，国际注册证通常都是黑白打印，仅在商标图样处可能会彩色打印，核准保护通知也是黑白打印或只有电子版，这让国内申请人更加难以理解难以接受，并对文件的真实性产生怀疑。此外，在申请人维权的过程中，核准保护通知对证明权利归属也存在诸多不便。为消除对商标注册效力和权利归属的疑虑，有企业希望向各指定缔约方的商标主管机关申请一份商标注册证或商标注册证明，但是有些国家并无此类补发商标注册证或商标注册证明的程序，即便有此类程序，也会产生额外费用。
单一国家商标注册完成后都会颁发商标注册证，能够直观地表明在各国的商标权利。
五、两种途径方式的注册申请日的差别：
1、根据马德里联盟，也就是《马德里协定》及《马德里议定书》的规定，如果自申请人提交马德里注册申请至原属国商标局的日期起两个月内，国际局收到该马德里注册申请，则国际注册日为申请人提交马德里注册申请至原属国商标局的日期。否则，国际注册日为国际局收到马德里注册申请的日期。
2、此外，在指定缔约方审查阶段，各指定缔约方通常将国际注册日视为“申请日”，对申请人确权十分重要。但是根据实践情况，大多数情况下国际局收到马德里注册申请的日期都会超过两个月，不利于申请人确权。
3、对于单一国家注册，申请人在准备好相关文件后即可直接向各国商标主管机关提出注册申请，可以尽快确定申请日，有利于申请人确权。
六、两种途径方式存在着不同的注册风险：
1、虽然说马德里商标国际注册申请可以在一份申请当中指定保护多个缔约方，但是各国的商标法律的制度都是不一样的，在各个国家的商标主管机关的审查过程当中，需要按照指定国家的审查标准而进行审查，然而每一份马德里商标国际注册申请当中都是无法同时满足多个国家的对于商标的描述、商标释义、商品规范、商品分类等方面众多要求，这可能会导致各个国家的商标主管下发审查意见或者驳回意见。
2、对于单一国家注册的风险，申请人则可以根据各个国安家的商标审查标准，而制定新颖的商标注册申请策略，相对于马德里商标国际注册途径所存在的风险相比较，能够更大限度的降低商标注册申请的审查意见或者驳回意见的可能性，提前规避掉哪些不必要的风险。
七、两种途径的封闭与开放也是存在一定差别的：
1、马德里体系虽然有近百个缔约方，但是国内申请人经常注册保护的许多国家仍然不在马德里缔约方之列，诸如马来西亚、泰国、巴基斯坦、阿联酋、南非、巴西、阿根廷等尚无法通过马德里体系来进行注册保护。
2、对于单一国家注册，申请人通常不会遇到此类问题，可以直接向各目的国家的商标主管机关提出商标注册申请，申请方式更加开放。
八、两种途径方式对于商标效力覆盖的差别：
根据马德里议定书第四条：“(a) 自根据第三条和第三条之三之规定所进行的注册或登记之日起，商标在各有关缔约方的保护与在该缔约方直接提交此商标申请所取得的保护应是相同的”。简而言之，就是说马德里注册在各指定缔约方的效力与单一国家注册的效力是相同的。而单一国家注册在这部分非洲国家能够受到有效的保护。
九、两种途径方式的商标后续管理存在的差别：
1、马德里注册的后续程序，如续展、变更、转让等程序，只需提交一份申请即可办理，便于统一管理。
2、对于单一国家注册，各国的商标有效期、续展期、续展及变更要求等均有所差异，申请人需按照各国的规定分别办理，管理难度高。
