分子泵和扩散泵可以到达的真空度范围是差不多的，两个是同级的。但两个泵又各有不同的优点和缺点，所以在市场上两者是并存的。
1：分子泵体积小，耗能小，对真空室的污染比较小。但是相比扩散泵，分子泵的抽气速度比较低，维护成本比较高(精密)。
2：扩散泵可以设计为很大的抽速，购置成本比较低。但是扩散泵体积比较大，能耗高，会对真空室有很重的油污染，一般要配合液氮(氦)冷阱用(运营成本高)，不环保。按趋势来讲，高真空泵还是向分子泵方向在发展，但是由于分子泵叶片转速很高，所以对轴承有很高的要求，国内厂家生产的分子泵稳定性不是很好，国外的分子泵价格又过高，所以国内工业生产上一般还是选用扩散泵。只有在一些高端的产业像半导体产业和科研单位才会用到分子泵。
机械泵一般为中低真空泵，扩散泵，分子泵为高真空泵，机械泵一般作为扩散泵，分子泵的前级泵。
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