一般情况下，微生物菌肥在大田中的施用以种植前的底肥为主，也可以在收割后进行秋后施用 ，这要根据土壤深翻和旋耕时间定，大多在春播前10-15天施入，方便在播种时生物菌肥中的菌已经发挥作用。
而果树的生物菌肥施用则可分为春季和秋季两次，以秋季10月份左右施用为多，次年3月份为辅。因为果树根系比较深，而且比较发达，可以达到树冠投影处，所以，果树对菌肥的要求量比较大，10月份的菌肥施用完全大过复合肥料，而3月的菌肥可以略次于复合肥料。这样施菌肥的目的，一是对土壤疏松度的要求，二是土壤有机质的明显需求。比如果树要在每季下果后都要进行菌肥补充，这样不断地进行土壤调理和中微量元素的补充，可以使果树慢慢吸收，不至于一口吃饱或者不够吃。
微生物菌剂多久用一次 扩展
施用微生物菌剂一年2次为好。
微生物菌剂即便是一次大量补充后也不会很快全部被植物吸收利用，而是缓慢的，在一个较长的时间内被微生物分解，变成植物可以利用的部分。必须要根据土壤的情况和作物的情况区别对待，长年累月地多次的进行补充。这样才能保持土壤长期的有机质存在，同时也保证了土壤活动的微生物基数。
微生物菌剂多久用一次 扩展
微生物菌剂一般可以15-20天用一次。微生物菌剂在作物的整个生长周期需使用3-5次左右及以上，才能提高肥料的吸收利用率，提高作物的产量和品质，在使用时可以搭配营养类肥料，如氨基酸、黄腐酸钾、海藻精等，能加大吸收效果。
